Por que o enredo do mangá Evangelion diverge do anime?

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Eu li o mangá, todo ele, e assisti os primeiros 13 episódios de NGE. E me surpreendeu, porque os enredos eram diferentes com o mangá (bem, apenas alguns deles). Principalmente o final do mangá. Eu me pergunto por que o final e a trama foram diferentes? Qual é o motivo disso?

E como o mangá foi feito em 1994, enquanto o anime foi ao ar em 1995? Qual veio primeiro? Evangelion foi baseado em mangá?

o mangá foi uma forma de gerar interesse no próximo lançamento do anime. então foi publicado antes da série de anime. Não é tão incomum.
Você pode conseguir obter mais informações com essa pergunta para a qual escrevi uma resposta há algum tempo. Não uma duplicata, mas possivelmente de interesse.
porque o mangá em si acabou em 2013, quero dizer que a série original acabou há muito tempo (1995-1997), mas o que aconteceu com o mangá NGE? demorou cerca de 20 anos para completar a série (1994-2013), por que o autor não seguiu as fontes originais?
A Wikipedia parece ter uma explicação sobre isso, embora as informações possam não ser atualizadas.

Porque o mangá é de Yoshiyuki Sadamoto e não de Hideaki Anno. Acho que ele fala sobre isso em algum lugar. Sadamoto simplesmente tinha uma visão mais positiva da história, então você vê Shiji falando mais. Nem mesmo o próprio Anno se apega tanto à história como os fãs, veja a série Rebuild. Então, relaxe e aproveite.