Parece que pode ter sido sugerido em um dos flashbacks (havia alguns deles no último episódio) e sempre parecia que tinha algo a ver com aquela árvore que Binchou-tan está sempre olhando (e escreve um letra no final).
Sua avó morreu na árvore? Ela morreu de velhice ou foi de repente (como ser atacada por um lobo)? Parece estranho que ela abandonasse Binchou-tan no meio da floresta se soubesse que estava morrendo.
Isso é explicado no último (4º) volume do mangá:
Ela desmaiou e faleceu em um mercado quando foi para uma cidade.
A respectiva página:
Imagem retirada do livedoor, um blog japonês
Tradução:
2º - 4º painel: Boa tarde. Você é Binchou-tan, certo? Sou porta-voz da prefeitura ... sua avó faleceu na cidade. Ontem no mercado, ela desmaiou e ...
