Phoenix :: Fall Out Boy
No capítulo 604 do mangá, é mostrado que Kakashi mata Rin. Isso cumpre o requisito para ativar o Mangekyou Sharingan. Então esse deveria ter sido o momento em que Kakashi foi capaz de usar o Mangekyou Sharingan.
Além disso, o Flash Amarelo ainda estava vivo quando isso aconteceu, então isso significa que Naruto ainda não havia nascido. Isso aponta claramente para o fato de que desde o início da série Naruto, Kakashi teve seu Mangekyou Sharingan ativado.
Quando Kakashi lutou pela primeira vez com Itachi (quando Itachi e Kisame aparecem em Konoha) e enfrentou o Tsukuyomi, ele ficou arrasado em um momento, mesmo tendo seu Mangekyou Sharingan ativo (embora não fosse usado). Mas na próxima vez que eles enfrentam (durante a missão de resgate de Gara), ele foi capaz de resistir.
Agora minha primeira pergunta é, Kakashi não sabia de seu Mangekyou Sharingan até enfrentar Itachi, ou ele não era proficiente em usá-lo. Além disso, por que na série de Naruto (quero dizer a série antes do início de Shippuden) Kakashi não usou seu Mangekyou Sharingan?
Agora, para minha segunda pergunta, no mesmo capítulo, algumas páginas atrás, apenas quando Kakashi desfere um golpe em Rin, a visão de Obito começa a desvanecer, pois ele pode sentir Rin morrendo. Isso significa que o Mangekyou Sharingan de Obito foi despertado ao mesmo tempo? Sabemos que Kakashi e Obito compartilham a mesma "outra dimensão" por causa do mesmo Sharingan que ambos usam (não o mesmo olho, mas o olho do mesmo Uchiha). Então, o mesmo se aplica à ativação do Mangekyou Sharingan?
Kakashi e Obito acordaram seu Mangekyou ao mesmo tempo: quando Kakashi matou Rin.
Obito (à esquerda) e Kakashi (à direita) despertando seu Mangekyou. Do capítulo 605, páginas 4 e 5.
Agora, quanto ao porque Kakashi nunca o usou antes de sua luta com Deidara, eu acho que não há uma resposta definitiva. No entanto, posso pensar em duas suposições diferentes: uma está dentro do universo, enquanto a outra está fora do universo.
Explicação no universo: Como você disse, Kakashi não sabia ou era incapaz de controlar seu Mangekyou Sharingan. Eu tendo a pensar que o primeiro é o caso, já que ele desmaiou assim que acordou seu Mangekyou, e provavelmente não se lembrava de tê-lo despertado (a página de Kakashi no wiki de Naruto parece concordar com essa explicação). Se este for o caso, após sua luta com Itachi ele provavelmente testou para ver se tinha o Mangekyou, descobrindo que sim, e assim treinou para aperfeiçoar seu uso.
Explicação fora do universo: Kishimoto não havia pensado em toda a história. Já que Tobi não apareceu na primeira série de Naruto, Kishi ainda não tinha pensado em quem ele seria. Se for esse o caso, então a história de Kakashi ainda não havia sido planejada, assim como a de Obito. Isso tornaria plausível que Kakashi não estava inicialmente planejado para ter um Mangekyou, já que o dele foi transplantado. Após o Kakashi Gaiden, no entanto, os personagens importantes são apresentados, o que significa que ele provavelmente planejou que Obito fosse Tobi, e sobre a ligação entre o Sharingan dele e de Kakashi.
1- Obito na verdade faz uma aparição antes de sua introdução real no capítulo 122 e Naruto no episódio 72 durante um flashback do Terceiro Hokage, e na capa do capítulo 16. Então, tecnicamente, ele estava em Naruto.
Eu acho que Kakashi não usava Mangekyou Sharingan antes porque demorava muito chakra. E como ele não é um Uchiha, isso drenou todo o seu chakra de uma vez. E a próxima coisa sobre ele desmaiar logo após ativar o mangekyou pela primeira vez, é o mesmo motivo. Exaustão. Não há necessidade de explicar no universo e fora do universo, blá, blá, blá. Durante o incidente da gara, ele o usou, mas teve que ser colocado na cama. Mesmo motivo de drenagem de força física e mental.